之后，冯子材奉命到海南岛镇压黎民起事，同时为当地经济、文化开发事业做了不少好事，被补授云南提督，旋赏兵部尚书衔，继续留办粤防。

甲午战争爆发后，冯子材请缨北上抗日，获准赴江南办防。途中闻《马关条约》签署，中国赔款失地，悲愤中电请北上决战，未果。1896年，中英片马争界交涉事起，冯子材奉命赴云南提督任，争回片马，稳定了云南局势。1901年，冯子材遭人暗算，被调离云南，改任贵州提督，他愤而告假，随之开缺。

1903年，钦廉一带会党蜂起，两广总督岑春煊又想到了冯子材。年已86岁的冯子材又起身田间，会办广西军务兼顾广东钦廉防务。夏间行军，途中中暑，牵引旧伤，在南宁行辕辞世。

著名诗人田汉1962年拜谒位于钦州泥桥岭的冯子材墓后挥毫写道：

泥桥岭畔古城东，且驻征军吊萃翁。

松啸如闻嘶战马，花香端合献英雄。

扶妖江左成遗憾，抗法南关有大功。

近百年来多痛史，论人不应失刘冯。

“萃翁”即指冯子材，“刘冯”指刘永福和冯子材两位钦州籍抗法名将。诗中既为冯子材“扶妖江左”（为清政府镇压太平天国农民起义）感到遗憾，又讴歌了冯子材在镇南关保家卫国创下的光辉业绩，并将他上升为近代中国人民反侵略的英雄，是恰如其分的。

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