台之后为毗卢殿，远名净业堂，堂前巨大石钵，双层石座，雕镂极工，钵身周围海水花纹，并刻有山龙海马及八宝等像，是一件稀有之物。据《日下旧闻考》卷十一说，这个石钵原是西华门内玉钵庵物。当初现存北海团城的渎山大玉海即在庵内。这次重修法源寺，才移到这里。廊下左右陈列着明万历十七年（公元一五八九）刻观音画像石碑及万历十九年刻的达摩画像石碑。这原是附近圣安寺物，该寺衰废后移来此处。毗卢殿中供奉着一座巨大佛像，通体铜制，高齐屋顶，共三层：下层千叶莲瓣巨座，每一莲瓣上镂一佛像；中层为四方佛，分别面向东、南、西、北；毗卢佛则居最高层。铜像安置于石刻须弥座上，四面镂有力士龙云之像，古朴庄严，与铜像结为一体。

　　毗卢殿后是大悲坛，这是一座三开间的殿堂，将陈列各国赠送的经象文物。堂的后檐下一间抱厦，与前屋结成一体，旧称“庄严亭”，形制特殊，当初为什么这样安排，就不得而知了。

　　最后一进的藏经阁是两层的五开间木建筑物，阁前有数百年古银杏一株，枝干婆娑，荫覆半院；阶前两株西府海棠，也是乾隆年间物，在过去是有名的，龚自珍曾有词及之，题作《减兰》，前有小序云：“偶检丛纸中，得花瓣一包，纸背细书辛幼安《更能消几番风雨》一阕，乃是京师悯忠寺海棠花，戊辰暮春所戏为也。泫然得句。”诗云：

　　人天无据，被侬留得香魂住。如梦如烟，枝上花开又十年。

　　十年千里，风痕雨点斑斓里。莫怪怜他，身世依然是落花！

　　千里之外，连残瓣都被词人珍惜如此，可见法源寺海棠之被人流连莫忘也。阁上供奉着三大士像，为木胎干漆塑制，乃明代所造也。四周陈列着明、清两代所刻藏经。阁的下层，在日本唐招提寺鉴真和尚回国巡展时大师像陈列于此。阁中四件柱础，形制与前殿两础颇相近，时代似稍晚，亦为清石所制，其莲瓣雕处，有两础保留有门限的花纹。此四础应该是景福年间重修时建观音阁之物。

　　法源寺在历史上是一座名刹，宋钦宗（赵桓）被虏北来，就被拘留在寺里；金大定十三年（公元一一七三），曾把这里作为策试女真进士的考场；元至元二十六年（公元一二八九），宋遗臣谢枋得被拘，即绝食寺内。到了清代，法源寺便以花木幽胜著名，使不少人流连畅咏，在不少人的诗文集中载有关于法源寺的诗篇。

　　全国解放后，政府贯彻文物政策、宗教政策，特应中国佛教协会之请拨款对这历史古刹加以修葺，一九五六年在这里建立了中国佛学院。一九六三年，亚洲十一个国家和地区的佛教徒会议是在这里召开的，朝鲜、日本、巴基斯坦、尼泊尔、泰国等国家一些有名学者都出席了这次会议。文化大革命中，法源寺遭到破坏，一九七九年由中国佛教协会筹集人力财力，主要是得到了政府大力支持重新修复，并定为北京市重点文物保护单位，使这座千年古刹恢复了庄严气象。现在这里已经正式开放为参观场所，并在这里设置了中国佛教图书文物馆，恢复了中国佛学院，集中了国内一些名贵的佛教艺术品与善本书籍，使它成为一个佛教艺术和文物的展览中心，也成为一个研究佛学的学府。

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