但这并不是说，儒家在与皇帝的关系中完全处于不利地位，儒家把皇帝本身纳入自己的理论体系（这一点得到皇帝的认可），使之成为统治思想至关重要的组成部分，就为儒家制约皇帝提供了依据和可能。儒家所宣扬的“君君臣臣，父父子子”的内涵一方面是，君守君道臣守臣道，父守父道子守子道；另一方面则是，君守君道是臣守臣道的前提，父守父道是子守子道的前提。在儒家的观念中，皇帝更重要的是他的象征作用。围绕皇帝所制定的种种繁琐而严格的礼仪制度都体现了其不可侵犯的秩序精神。皇帝是社会秩序宝塔上的宝顶，装饰作用变成了它的主要功能。一旦皇帝违背儒家信条，如仁和礼的时候，或者妨碍其执政的时候，为了维护整个官僚士大夫集团的利益，这群儒家执政者们总是采取积极的或消极的手段来进行维护，有时甚至不惜牺牲自己，来迫使皇帝屈从。

秦始皇创建空前的大帝国之后，君臣就如何治理国家进行了深入的思考，重点解决两大问题，第一是皇室与政府之职权划分，第二是中央与地方的职权划分。在第一个问题上，秦汉在中央设三公九卿，并基本明确了君权相权的划分；在地方置郡县，按一定制度和程序选拔郡守县令代天子牧民，并详细规定了地方官的权利与义务。由此，中国建立起一套完整的有关政治组织、百官职权、考试监察、财经赋税、兵役义务等政治制度。这些制度，在法律和程序上保证了百官对皇帝的绝对服从和效忠义务，同时也保证了官僚集团行使权力的独立性。当然，这种独立性是相对的，虽然这是文官集团与皇帝协议的组成部分。但是，依据这种独立性，官僚集团甚至可以用来制约皇帝。汉承秦制，官僚机构被儒家掌控，儒家便用这套制度的某些原则来维护国家或者儒家集团的利益。

如三国时期，魏明帝有一次驾临尚书省，要求“案行文书”，尚书令陈矫却拒绝说，“如果陛下认为我不称职，大可以将我罢免；但这些东西并不是陛下应该看的。”结果，明帝灰头土脸地“回车而返”。又比如唐太宗有一次问负责修撰起居注的褚遂良：“起居注这东西，皇帝可以看么？”太宗的意思很明显，但是褚遂良回答：“我从没有听说过君主可以看起居注的。”太宗又问：“如果我有不好的行为，你也会记下来？”回答是：“您做了什么，我就记什么，这可是我的职责所在。”陈矫和褚遂良依据皇帝认可的惯例（传统）和皇帝明确的官员职责（法定），来对抗皇帝的独裁，皇帝也无可奈何。