与此同时，董仲舒又劝说汉武帝设立太学，选拔五经博士教授弟子，这既为国家培养了后备官员，也为儒家集团的持续发展提供了保证。设置之初，太学只有博士弟子50余名，但到了西汉末年，太学已有校舍万区，太学生多大一万多人。东汉时，太学生更是达到三万余人，形成一股势力巨大的力量。经过南北朝的动荡，到了隋唐，国家官员选拔实施科举制，所考科目多为儒家经典，这使得儒家势力进一步扩大。朱元璋得天下后，更是规定八股取士，所考内容限定为朱熹所注的四书五经，至此，能够在帝国做官的几乎是清一色的儒家信徒，儒家势力彻底垄断了国家行政权力。从中央到地方，他们几乎掌握了所有的重要职位，结成了一个巨大的利益集团。为了集体的信念和利益，他们完全可以对皇帝或强加规劝，或消极对抗，迫使皇帝接受他们的意见。因为皇帝要靠他们治理国家，离不开他们，很多时候不得不向他们让步。

更有意思的是，儒家把皇帝本人也纳入儒家的体系之中，用繁琐的礼仪对皇帝进行包装，这既是对皇帝神圣化的需要，但同时也在某中程度上把皇帝变成一种摆设。按礼仪的要求，皇帝必须按照早已经安排好的日程进行演出，每一天的每一件事情都是事先规定好的。每天早晨天还不亮，就得从被窝里爬起来，梳洗穿戴完好，到通明宫吃早餐，然后回到寝宫，换上正式的朝服早朝。早朝之后，便是每天两个小时的学习。午餐之后，要习字，接着便要练习批阅奏折，一直到吃晚饭。晚八点钟后，他就得回宫睡觉了。第二天又开始同样的生活，周而复始，一样的程序，一样的内容。当然，自己所能做的还有出席并主持一个又一个复杂庄重的典礼，祭天、祭地、祭太庙、祭社稷，还有祀天神、神祇、太岁、朝日、夕月、历代帝王等等，以及谒陵、册封、封赏，等等等等。如何进行这些工作，也全部都是规定好的。说白了，他就是一个工具而已。

而一旦皇帝势力弱小，便有完全被儒家官僚集团完全架空的可能。这一点在明神宗朝张居正执政时最为明显。隆庆六年（1572年），穆宗病殁，年仅十多岁的神宗继位。张居正成为首辅，从此独掌国家大权达十年之久。神宗徒有帝王之名，完全成为例行各种公事的摆设。张居正针对国家日益窘迫的财政问题，大刀阔斧地对国家进行了一系列的改革，甚至将改革进行到皇帝头上。他要求皇帝勒紧裤带，和大家一道过紧日子。万历七年（1579年），神宗向户部索求十万金，作为皇家伙食费，张居正据理力争，说户部收支已经入不敷用，一旦哪个地方有水旱灾害，或者疆场来场意外什么的，该向谁要钱去？因此，他要求神宗节省一切不必要的开支。结果，不仅免除了这十万两银子的开支，连宫中的上元节灯火、花灯费也被废止。这种情形直到张居正死去之后才得到改变。