以后随着战争规模的扩大，国君亲自出战的情况到了战国时期就很少见，一般都是委派将军到前线指挥，并授予将军实现庙算所决定的战略目标的全部临战指挥权，仅在和、战等重大问题上才需要向国君请示。据《六韬》一书的说法，当时任命将军的仪式非常隆重，君王要在太庙亲自向将军授予代表国王权威的斧钺，并要说将军持斧钺自天到地都可制裁之类的套语，而将军要向君王表示“军不可从中御”。《孙子兵法》将此归结为：“凡用兵之法，将受命于君，……途有所不由，军有所不击，城有所不攻，地有所不争，君命有所不受。”战争结束后，将军率军回朝，交出指挥权。《孙膑兵法》更是将军队“不胜”的5个原因之首列为国王“御将”。

将军拥有指挥全权的情况在秦汉时期还有遗风。最著名的例子是汉文帝“细柳劳军”的故事：公元前158年匈奴入侵，汉军集结应战。周亚夫率军屯兵细柳，汉文帝前往慰问，不料军营的门都尉不开营门，说：“将军有命令：军营中只服从将军命令，不接天子诏令。”汉文帝只得派使者手持代表皇帝的“节”进军营找周亚夫，周亚夫传令打开营门，自己身披盔甲、手持兵器迎候，只向汉文帝行军礼，并要求车驾不得在军营中急驶。汉文帝非但没有因此怪罪周亚夫，还称赞周亚夫是“真将军”，其他4座任由车驾长驱直入的军营只是儿戏。不过从当时随行的大臣都大惊失色的情况来看，“将在外君命有所不受”已经不再是被普遍接受的观点。

随着后世太多的将军发动军事政变篡夺政权，制度上不再允许“将在外君命有所不受”，相反强调的是在出兵后，皇帝仍然要通过种种办法加以“遥制”，战略的指挥权和战场指挥权都力图要保留在皇帝手里。

朝堂不仅要庙算，还需要进一步遥控指挥。朝廷里开始出现皇帝周围的一些亲信组成的实施这种遥控指挥的小班子。西汉末期是以大将军府来实施指挥的，到东汉时期是以皇帝周围原来的秘书班子“尚书台”来实施，凡是受到皇帝信任的大臣就挂上“录尚书事”的头衔，参与军国大事的决策。

经过三国两晋南北朝的变化，尚书台扩大为尚书省，尚书省下的兵部正式掌握承受皇帝命令发布调兵指令、武官任免、军队编制、后勤供应等权力；而与尚书省并列的武官机构12卫大将军府，则有组织训练、出任战地指挥等权力。

不过因为尚书省是处在宰相领导之下，如果兵部权力过大也就是加强了宰相的权力，所以唐末五代时期又出现了枢密院机构，由皇帝的亲信组成——开始时是由皇帝所亲信的太监组成，以后才改为文官担任——专门处理军国重事，帮助皇帝实施军事指挥，成为军事统御机构。枢密院的长官为枢密使，副手为枢密副使。

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