到公元91年（永元九年）后，北匈奴被东汉击溃，而且鲜卑人在蒙古高原崛起，北匈奴又西迁康居，与郅支单于的残部会合。在北匈奴西迁浪潮的冲击下，康居被迫南迁到索格狄亚那地区，故而以后的汉文史料中往往将康居、粟特并称，并说康国为“康居之后”。北匈奴大规模西迁乌孙、康居是在公元二世纪中期。在康居南迁时，也有一部分匈奴人随着而来。这个时期，康居国北部的领土大为缩小，锡尔河以北地区被西迁的匈奴人占据。

班超平定西域各国叛乱期间，康居国对班超和东汉政权有过帮助，也有过阻挠。那时，班超率疏勒、于阗、纡弥等国兵一万余人攻破龟兹国姑墨石城。此时的康居、月氏、乌孙等国都有归附汉朝的愿望，想帮助班超并力攻灭龟兹，打通与汉朝往来的通道。后来，莎车王勾结疏勒王反叛汉朝，康居王曾派兵援助疏勒王，导致班超久攻不下。这个时期的康居和贵霜刚刚和亲结盟，班超派使者给月氏王送去厚礼，通过月氏王向康居王劝谕，康居退兵，并将疏勒王押到月氏，转送汉朝。三年后，疏勒王又向康居借兵打回来，占据一些地方，并与龟兹国密谋诈降，被班超识破诡计，遂将疏勒王处斩。此后，康居与汉朝之间相安无事。

东汉时期，康居国的强大时间并不太长，基本上在班超出使西域前后。康居国的强大比起同时期的贵霜帝国来要略逊一筹。

公元三世纪时，贵霜帝国开始衰落，沦为波斯萨珊王朝的控制之下，贵霜帝国在印度的领土也逐渐缩小。

公元265～274年（晋武帝泰始年间），康居十分弱小，康居王遣使到晋朝献马，希望与新崛起的西晋王朝结交。

公元三世纪后，康居国已没有清晰的国界，史书中对康居自三国时就已称其为“粟弋”，专指当地居民的种类和地名了。

南北朝时期，�哒势力崛起，康居相对衰弱。�哒人西迁后，康居国就不复存在了。

史书上说，康居国姓温，本是月氏人，“旧居祁连山北昭武城，故康居左右诸国并以昭武为姓，示不忘本也”。这就是月氏人被从河西走廊驱逐出来的事实。康居国又称“悉万斤”，即撒马尔罕，出于索格狄亚那的中心地区。在贵霜帝国强盛期，当地的月氏人很可能被委任为征服地的城长。这些地区的统治者大部分都是昭武族的大月氏人。由于贵霜帝国的逐渐衰落，各地便分裂为许多小国。

公元357～367年间，由于柔然的崛起并争夺西域，�哒匈奴人又潮水般地涌入中亚阿姆河与锡尔河之间地区，攻灭粟特、政府索格狄亚那就显得轻而易举。到公元四世纪20年代，�哒匈奴人又南攻灭贵霜，从而成为中亚的强国，居于中国和波斯萨珊之间，这时的康居、安息、乌孙、花剌子模、�宾、大宛等等汉代国家名称全都不见了。原来居住在中亚地区的匈奴人、康居人、乌孙人、月氏人逐渐融合同化。随着突厥人的涌入和突厥语的广泛流行，中亚各族都以作为各个因子被突厥这个庞杂部族所涵盖。中亚各国的昭武族人在臣属西突厥的前提下，保持了自己各地的小政权和民族根源，形成所谓的“昭武九姓”诸国。

在康居国近五百年的历史上，没有一个很有建树的君王，甚至没有留下一个君王的名字。从西汉初期役属西迁的大月氏人，后来又受西迁的匈奴人蹂躏，最后臣服于西迁的�哒。即使康居国历史上最强盛的时期，也得看月氏王的脸色行事。这些曾经割下古波斯王居鲁士头颅、也曾令波斯王大流士远征惨败、令亚历山大被迫穿上中亚服饰采用怀柔政策的中亚游牧人，在来自东方的的游牧人面前似乎都不堪一击，而且甘于臣服。康居人的政治才干甚至连昭武九姓都不如，其中的底蕴耐人寻味。

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