对于中医学性质的认识，是一个较为复杂的问题，可以说，在这个问题上至今仍是各有各的看法。一般认为，科学可以分为自然科学、社会科学和哲学三个大部类。而中医既与自然哲学沾边，又与自然科学和社会科学有着难分的渊源关系，可谓集三者于一体，或三者交融的产物。

从自然哲学一头看，中医与古代哲学著作《周易》有着密切的渊源关系。由于中医以阴阳五行为主要的说理工具，所以有人认为：“中医学不是现代意义的自然科学，而是经典意义的自然哲学。”然而，中医又不等同于纯自然哲学，因为它同时毕竟又是一门以治病救人为宗旨的自然科学。话虽如此，但这一点也不影响自然哲学在方法论上对自然科学的指导。正如恩格斯指出的那样：“不管自然科学家采取什么样的态度，他们还是得受哲学的支配。问题只在于：他们是愿意受某种坏的时髦哲学的支配，还是愿意受一种建立在通晓思维的历史和成就基础上的理论思维的支配。”

中医和自然哲学的关系是双向的。一方面，中医在自身的发展中，借助阴阳五行的哲学概念，去解释人体生理病理，以及将它应用到治疗中去拨乱反正，使归于平。比如说，在病理上， 《内经》有“阴胜则阳病，阳胜则阴病；阳胜则热，阴胜则寒”的说法。反映到治疗中，就有：“阳病治阴，阴病治阳”；“治热以寒，治寒以热”。另一方面，中医学在自身的发展过程中，又反过头来丰富和充实了古哲学的内容。如以阴阳为例，祖国医学认为物极必反，所以阴极可以转阳，阳极可以转阴，寒极可以生热，热极可以生寒。同样道理，动极可以生静，静极可以生动。又如解释五行生克乘侮，本为《内经》所提出，并由此而展开了充分的讨论。《素问·六微旨大论》提出：“亢则害，承乃制。”是说六气中某一气过盛，而其所承的另一气(这种承制关系，一般遵循着五行相克的规律)不能随之予以制约，则该气必将亢极为害；若所承之气能够予以制约，则自然界中的各种生化活动便能进行下去。后来，明朝医学家张景岳说得更为明确：“造化之机，不可无生，亦不可无制。无生则发育无由，无制则亢而为害。”