大火之后的第五年秋天，工程浩大的重录工作正式开始。对于这样一部史无前例的大类书，重录官员选择了按照原本进行“对本抄写”这个最为简单也最为正确的方法。工作进行了整整六年，直到嘉靖皇帝去世，重录工作还在进行。新皇帝明穆宗继位之后，重录工作才得以完成。

据史书记载，重录的《永乐大典》的在内容、格式、装帧方面与原本如出一辙，令人叹为观止。此后，《永乐大典》便有了两个版本。现在人们习惯于把永乐年间的第一个版本称为正本，把嘉靖年间的重录本称为副本。这就是说，国图收藏的所有《永乐大典》全都是明朝嘉靖时期的副本。

不仅如此，历史上被八国联军毁掠的是明嘉靖后期重抄的副本，流失海外和国内陆续搜集的残本也均为嘉靖重录副本或其抄本。而《永乐大典》的正本至今一卷也没有发现，并且其下落也一直不见准确的记载。这就是说，《永乐大典》正本失踪了！

11095册《永乐大典》正本已经彻底消失了几个世纪！《永乐大典》正本究竟何去何从？它还存在于这个世界上吗？如果存在，它到底在哪？如果已经不存在于世界上，它又是什么时候，被谁，用什么方式毁灭的？对于正本的下落，为什么历代史书中不见任何准确记载？

围绕着《永乐大典》正本的是一个又一个讳莫如深的谜团，甚至有学者将之称为“中国书籍史上的最大疑案”。　　关于正本的第一种说法，毁于清乾清宫大火说。清朝末年的一位学者缪荃孙提出了这种看法。乾清宫的历史可以追溯到清顺治十二年(公元1655年)，康熙八年重修。然而，我们目前所见的乾清宫并不是建成于这个年代，而是在1797年嘉庆二年之后重建的。重建的原因，正是因为嘉庆二年发生的一次大火，将整个乾清宫几乎彻底毁灭。

那么，《永乐大典》正本是否象缪荃孙所说，在当时藏于乾清宫，而且不幸毁于这场大火呢？张忱石对这种说法提出了不同意见。乾隆九年至四十年间，清政府曾对宫中藏书清理过，所有善本典籍全部集中在一起，编成了《天禄琳琅书目》。《永乐大典》是书籍中的庞然大物，又有一万多册，假如正本在乾清宫，是极容易发现的，怎么可能不编入《天禄琳琅书目》？

无独有偶，史书中关于乾隆时期曾经大规模查访《永乐大典》的记载似乎也质疑了《永乐大典》正本毁于乾清宫大火的真实性。乾隆年间编辑《四库全书》时，因为要从《永乐大典》裒辑佚书，曾经在宫里宫外都查找过《永乐大典》。当时有人怀疑在康熙年间修书时，徐乾学、高士奇等人常在皇史宬翻阅此书，有可能取走查阅未能交回。于是乾隆下令两江总督高晋、浙江巡抚三宝到两家查访。特别讲明《大典》是官物，即使当年拿取，也是无意收藏，只要交出，并不追究，但一本也没有找到。

假如当时正本存放在乾清宫，何必舍近求远，去江苏、浙江寻查副本呢？这样看来，既然正本毁于乾清宫大火的说法站不住脚，那么正本的失踪会不会早在清朝以前呢？

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