明清时期，随着民族英雄郑成功将台湾收回祖国的怀抱、大陆移民纷纷赴台拓垦和统治阶级对台湾的加强管理，儒学也随之进入了台湾，并对台湾的社会及文化教育产生了重大的影响。

有“全台首学”之称的台南孔庙落成于明永历二十年（１６６６年），是全台湾建成的第一座孔庙，也是郑成功收复台湾后在台湾建立的第一所高等学府，因为在此之前，台湾没有任何比较正规的中国文化教育设施，因此，台南孔庙的建立标志着儒学正式进入了台湾，成为台湾教育发展史上的一个重要里程碑。它掀开了台湾教育史的崭新的一页，中华传统文化及教育由此在台湾岛上传播开来。

孔庙内设立“太学”，时任监军御史陈永华被嗣王郑经任命为“学院”，也就是太学的主持。由此在台湾岛上，开始建起了较为完整的教育体系：最高为太学，相当于高等教育；府设府学，州设州学，为中等教育；乡设乡学，即乡塾，为初等教育。所学内容，以讲授三字经、千字文和儒家经典为主。那时规定：“凡民八岁入学，课以经史文章”。接着，在台湾也开始实行了科举制度：每三年州试一次，州试入选者又经府试、院试，取进者入太学；最后每三年一大试，成绩佳者即可入朝为官。

自此以后，台湾的文风初开，古老的中国传统文化开始播撒在台湾的土地上，并逐渐绽放出美丽的光彩。随着清朝政府对台湾的加强管理，历任的巡台长官都亲自兼任台湾的学政（教育长官），凡设立的府县均设立府县儒学。因儒学是地方政府的官办学校，大多设于各府县的文庙（即孔庙）内，所以孔庙就成为儒教的主要活动场所。在台湾的孔庙中，最著名的就是台南孔庙和台北孔庙。

台南孔庙恢弘庄严，大成殿是全庙的建筑中心，大殿内主祀孔子的灵牌，正上方悬有数块横匾，多为历代皇帝所题。与一般的神庙不同，孔庙的大成殿内只有神位，没有神像，更没有香烟缭绕，酒肉陈杂的现象，充分体现孔子作为至圣先师的特点。后殿为崇圣殿，祀孔子五代神位，整个孔庙的建筑风格和配置，与内地的孔庙别无二致。每年９月２８日孔子诞辰日，台南市政府都在孔庙内举办盛大的祭奠，前来参典的官员、商贾、市民等近万人，祭奠之盛不逊于台北孔庙。